Huoltoupseeriyhdistyksen perustamisen juuret ulottuvat vuoteen 1926, jolloin pidettiin talousupseereille Puolustusministeriön Sotilashallinnollisten kurssien I jakso. Se oli alku huoltoupseerien yhtenäiselle erikoiskoulutukselle ja huoltoupseerikunnan muodostumiselle ensimmäisen kurssin oppilaskunnasta lähtien. Huoltoupseeriyhdistys laskee perinteensä ja toimintansa alkaneen tästä kurssista, vaikka yhdistys rekisteröitiinkin virallisesti vasta 1951.

Vuosina 1926 - 1946 yhdistys toimi Huoltoupseerikuntana. Toisen maailmansodan jälkeen Huoltoupseerikunta yritettiin 1946 rekisteröidä viralliseksi Huoltoupseerikunta Ry:ksi, mutta sitä tuolloisissa olosuhteissa hyväksytty yhdistysrekisteriin.

Hiljaiseloa kesti muutamia vuosia, kunnes keväällä 1951 päätettiin toiminta aloittaa uudelleen 1946 tehtyjen kaavailujen ja suunnitelmien mukaisesti. 7.5.1951 pidettiin Helsingissä Huoltoupseeriyhdistys Ry:n perustamiskokous. Yhdistys ja sen säännöt hyväksyttiin rekisteriin ja yhdistys piti syksyllä 1951 Huoltoupseerikoulun ja yhdistyksen 25-vuotisjuhlat.

Vuonna 1951 hyväksytyt säännöt mahdollistivat jäsenyyden käytännössä vain huoltoupseerikoulun suorittaneille upseereille. Lisäksi oli mahdollista valita kunniajäseniä sekä ulkojäseniä. Jo tuolloin nähtiin kansainvälisen yhteistyön merkitys, sillä ulkojäseneksi voitiin hyväksyä myös ulkomaalainen huoltoupseeri.

1959 jäsenyyttä laajennettiin siten, että moottoriajoneuvo- tai kuljetusvälinealan suorittaneet upseerit voitiin hyväksyä jäseneksi. Lopulta 1961 sääntöjä uudistettiin siten, että jäseneksi voitiin hyväksyä kaikki huoltotehtävissä palvelevat upseerit. Tuolloin jäsenmäärä nousi yli 400:aan. Ulkojäsenyys poistettiin ja jäseneksi alettiin hyväksyä yhdistyksen toimintaa edistäneitä reserviupseereita.

1960-luvulla toiminta laajeni ja alettiin pitää esitelmiä ja tiedotustilaisuuksia kertausharjoituksissa. Yhdistys alkoi myös palkita kurssilaisia stipendein. Yhdistyksen toimintaa ja organisaatiota tarkennettiin vastaamaan vuonna 1966 tapahtunutta organisaatiomuutosta. ”Huoltoupseeri” -lehteä alettiin julkaista vuonna 1968. Aluksi lehti ilmestyi kaksi kertaa vuodessa, mutta 1972 alkaen lehti alkoi ilmestyä neljä kertaa vuodessa.

Jäsenmäärä nousi yli 1000 hengen tasan 1970-luvun puolivälissä ja oli huipussaan 1986, jolloin jäseniä oli yli 1600. Vuonna 1982 myös erikoisupseerit saattoivat liittyä jäseniksi. Yhdistyksen aluetoimintaorganisaatio tarkistettiin 1980-luvulla sotilaslääni-organisaation mukaiseksi.

Yksi yhdistyksen merkittävimpiä ponnistuksia oli ”Puolustusvoimien huolto 1918-1986” -kirjan julkaiseminen. Noin 7 vuoden työn tuloksena julkaistiin yli 900-sivuinen kirja vuonna 1988. Tämän lisäksi julkaistiin ”Huoltopäällikkö” –kirjaa noin viiden vuoden välein.

Yhdistyksen toimintatavat vakiintuivat 1990-luvulla. Jäsenmäärä pysytteli 1300-1500 hengen tasolla. Aluetoiminta vakiintui ja sen painopiste muodostui pääkaupunkiseudulle sekä Hämeeseen. Toimintaa ja organisaatiota kehitettiin vastaamaan 1993 voimaan tullutta puolustusvoimien hallintojärjestelmää, jossa maanpuolustusalueet olivat uusia toimijoita ja lakkautettiin sotilaspiirit.

1996 yhdistys vietti 75-juhliaan Lahdessa. Tuolloin evl evp K.H. Pentti lahjoitti huoltoupseerien tutkimuksen ja koulutuksen hyväksi 100 000 markan alkupääoman silloiselle Sotakorkeakoulun tukisäätiölle. Tästä lahjoituksesta sai alkunsa huoltoupseerikoulutuksen rahasto, joka jakaa Maanpuolustuskorkeakoulussa huollon opetukseen ja tutkimukseen stipendejä.

2000-luvulle tultaessa yhdistyksen toiminta vakiintui nykyiseen muotoonsa. Yhdistys järjestää edelleen lähes vuosittain jäsenmatkan johonkin mielenkiintoiseen kohteeseen naapurimaissa. Lisäksi järjestetään Sveitsin veljesjärjestön kanssa joka toinen vuosi tutustumisvierailu vuorotellen Suomeen tai Sveitsiin. Aluetoiminnan painopiste on muotoutunut pääkaupunkiseudulle sekä sotakouluihin. Syksyisin järjestettävä huoltotapahtuma on vakiinnuttanut paikkansa perinteisenä jäsenistön yhteisenä tapahtumana.